1996 trugen sich Mitglieder des Stadtrats erstmals mit dem Gedanken einen Preis in Erinnerung an die Verdienste Ottos des Großen für die Stadt Magdeburg zu schaffen. Intensive Vorarbeit und inhaltliche Auseinandersetzung waren nötig, ehe sich der Stadtrat zu Beginn der 2000-er Jahre darauf einigte, den Kaiser-Otto-Preis erstmals im Jahr 2005 zu verleihen – das Jahr, in dem die Landeshauptstadt von Sachsen-Anhalt, die gleichsam Lieblingspfalz Ottos des Großen war, ihren 1.200 Geburtstag feierte.

Die Kulturstiftung Kaiser Otto, getragen von der Landeshauptstadt Magdeburg und der Sparkasse MagdeBurg, wurde im Jahr 2003 als Stiftung bürgerlichen Rechts gegründet. Stiftungszweck sind die Förderung, der Erhalt und die Entwicklung der kulturellen Vielfalt der Stadt Magdeburg sowie deren dauerhafte Bewerbung als Metropole des Mittelalters. Der Vorstand und das Kuratorium, dem die Oberbürgermeisterin als Vorsitzende vorsteht, sind die Organe der Stiftung. Ein Preiskomitee, das neben den Mitgliedern des Kuratoriums weitere berufene Persönlichkeiten aus Politik, Wirtschaft, Wissenschaft und Gesellschaft zählt, bestimmt darüber, welche Persönlichkeit oder Institution mit dem Kaiser-Otto-Preis der Landeshauptstadt Magdeburg geehrt werden soll.