Die untere Wasserbehörde der Landeshauptstadt Magdeburg hat den gesetzlichen Auftrag, die Oberflächengewässer und das Grundwasser vor vermeidbaren Beeinträchtigungen zu schützen, sie zu erhalten und soweit wie möglich Flüsse und Bäche zu renaturieren. Die dazu notwendige Gefahrenminimierung wird durch Beauflagung und Überwachung der Gewässerbenutzungen, wie Entnahmen und Einleitungen von und in Gewässer sowie Indirekteinleitungen, gewährleistet. Das Gebot der sparsamen Verwendung der bestehenden Ressourcen an Oberflächen- und Grundwasser wird auch dadurch sichergestellt.    

Anlagen zum Umgang mit wassergefährdenden Stoffen, die ordnungsgemäße Errichtung von baulichen Anlagen in, an, über und unter oberirdischen Gewässern, sowie in Überschwemmungsgebieten unterliegen ebenso der behördlichen Genehmigungs- und Aufsichtspflicht.                                                                            

Ein weiteres Aufgabengebiet umfasst die die Hochwasssernachsorge, die in einem ersten Schritt die Verbesserung des Abflussvermögens des eingestauten Grundwassers durch das vorhandene Grabensystem im ostelbischen Poldergebiet, nach Hochwasserereignissen bzw. langanhaltenden Starkniederschlägen, erreichen soll.                                         

Bei Verunreinigungen von Gewässern mit wassergefährdenden Stoffen bzw. Abwasser, oder der drohenden Gefahr,  ist die untere Wasserbehörde als Gefahrenabwehrbehörde tätig.