Die Benutzung erfolgt auf der Grundlage der Benutzungssatzung des Stadtarchivs.
Jeder kann das Archivgut im Stadtarchiv benutzen, soweit schutzwürdige Belange Dritter und der Erhaltungszustand des Archiv-, und Bibliotheks- und Sammlungsgutes dies zulassen. Eine gedruckte Bestandsübersicht ist vorhanden und kann käuflich erworben werden.

Darüber hinaus besteht die Möglichkeit, Reproduktionen anfertigen zu lassen, wenn dies der Erhaltungszustand der Archivalien zulässt. Sie können die Reproduktionen als Digitalisat auf CD oder als Papierkopie erhalten. Die Gebühren des Stadtarchivs sind in der Verwaltungskostensatzung der Landeshauptstadt Magdeburg unter Punkt 2 sowie Punkt 11 geregelt und können an dieser Stelle nachgelesen werden.

Das Stadtarchiv verfügt über 5 Lesegeräte (davon zwei Readerprinter) für die Benutzung von verfilmten Unterlagen, da aus Gründen der Bestandserhaltung einige Originale nicht mehr zur Benutzung herausgegeben werden können.

Darüber hinaus stehen den Benutzern drei PCs für die Datenbankrecherche zur Verfügung.
Auch im Internet kann über die Portale Archivportal-D und findbuch.net in einigen Beständen des Stadtarchivs recherchiert werden.
Die Nutzung eigener Laptops ist erlaubt. Es besteht die Möglichkeit zur Internetrecherche.

Das Archiv ist bereits im 13. Jahrhundert nachweisbar.
Während der Zerstörung Magdeburgs im Dreißigjährigen Krieg wurde auch das mittelalterliche Ratsarchiv vernichtet.

Anfang des 19. Jahrhunderts erwachte das Interesse für die archivische Überlieferung. Im Jahr 1826 übernahm der Ratsbibliothekar Gerloff das Archiv. Die Verwaltung von Archiv und Bibliothek blieb bis 1913 in einer Hand. Ab dem 1. Oktober 1913 war es Dr. Ernst Neubauer möglich, sich ausschließlich der Verwaltung und Auswertung des Stadtarchivs zu widmen. Die entgültige Trennung von der Bibliothek erfolgte 1940.
Die Bestände des Archivs waren während des Zweiten Weltkrieges ausgelagert worden. Trotzdem gingen wertvolle Dokumente verloren, so Teile des ältesten Bestandes der Altstadt A I, große Teile des Archivs der Familien Guericke und Alemann, die Urkundensammlung und die Siegelstempelsammlung.

Nach dem Ende des Krieges bestand die wichtigste Aufgabe darin, die Bestände zurückzuführen und zu sichten. Am 15. März 1950 öffnete das Stadtarchiv erstmalig wieder seine Pforten für Benutzer. Dem Stadtarchiv sind seit 1952 das Verwaltungsarchiv und seit 1980 das Bauaktenarchiv angegliedert. Seit dem 1. März 2002 gehört das Stadtarchiv dem Dezernat IV für Kultur, Schule und Sport an.